Например, курс риторики, который был прочитан в семинарии Иосифом (Ямницким) состоит из введения (Stimulus ad candidatos Eloquentiae) и пяти книг. Содержание и структура риторического курса Иосифа (Ямницкого) практически полностью совпадает с риторикой, прочитанной в 1734-1735 учебном году в Киеве иеромонахом Сильвестром (Кулябкой). В первой книге, состоящей из семи глав, рассматриваются некоторые предварительные риторические понятия. Вторая книга «О достоинстве стиля», насчитывает пять глав и изучает следующие вопросы: «о тропах как речи, так и слова», «о фигурах как слов, так и речи», «о периодах» и так далее. Третья книга «Об аргументе и аргументации» разделена на четыре главы. Четвёртая книга «О речах официальных» состоит у Иосифа (Ямницкого) из пяти глав, в то время как у Сильвестра (Кулябки) — из семи. Пятая книга — «О большой речи как священной, так и светской», содержит в своих пяти главах разные вопросы: «о частях большой речи», «о писании истории», «о правильном и чистом переводе с одного языка на другой». Объяснить такое совпадение можно только тем, что Иосиф (Ямницкий), будучи студентом Киево-Могилянской академии, учился у Сильвестра (Кулябки).
Точно не известно, как проходило обучение в классе. По традиции, сложившейся еще в средневековых университетах, преподаватель семинарии мог диктовать свои лекции, которые записывали семинаристы, а мог комментировать их, то есть проводить лекцию. Видимо и в новгородской семинарии, основным видом учебного занятия была лекция — комментированное чтение текста учебника преподавателем совместно с семинаристами. А ученические записи курсов преподаватель читал, исправлял и выставлял оценки.
В апреле 1745 года для учащихся школы риторики Иосиф (Ямницкий) начал читать курс диалектики. Диалектика состояла из введения, в котором разбиралось пять вводных вопросов. В частности, «что есть диалектика», «что является объектом диалектики», и трех рассуждений «О трех операциях разума». Структура и содержание курса практически полностью соответствует курсу диалектики, прочитанному в апреле 1735 году Сильвестром (Кулябкой).
В новом 1745-1746 учебном году школа философии в семинарии открыта не была, очевидно, из-за смерти архиепископа Амвросия (Юшкевича). Ее открыли в 1746 году при Новгородском архиепископе Стефане (Калиновском). Преподавателем в ней стал префект семинарии Иосиф (Ямницкий). В новый класс были переведены 25 семинаристов из школы риторики. Содержание философского курса Иосифа (Ямницкого) известно благодаря сохранившимся рукописям. В соответствии с традициями Киево-Могилянской академии курс философии делился на три части: логику, включая выдержки из «Органона» Аристотеля, метафизику и физику.
Школа богословия была открыта в семинарии в сентябре 1748 года после того, как Иосиф (Ямницкий) прочитал двухгодичный курс философии. Однако 30 декабря 1748 года он умер, и ученики богословия возвратились в философский класс. Окончательное открытие школы богословия состоялось в сентябре 1750 года.
Помимо посещения лекций семинаристы могли заниматься самообразованием, читая книги из богатейшей семинарской библиотеки. В инструкции, составленной для преподавателей семинарии 9 октября 1761 года святым Тихоном Задонским, в то время викарием Новгородской епархии, особое внимание уделено чтению семинаристами книг. Он рекомендовал ученикам школы богословия читать Иоанна Златоуста, «как сладкаго и удобнаго автора и проповедникам весьма нужнаго», ученикам философии читать другого автора по усмотрению учителя, а риторам — классических авторов, также подобранных учителем. В школе пиитики он советовал обучать учащихся переводу, используя для этого «легкаго и полезнаго историка», а также учить «фразесы и идиотизмы латинскаго языка». В синтаксиме учить регулы грамматические и «разговоры», а также переводить какого-нибудь легкого автора. В грамматике, инфиме и фаре (преподавание чтения и письма) учить грамматические регулы и латинские вокабулы.
К сожалению, на сегодняшний день сложно сказать, что читали новгородские семинаристы в XVIII столетии. Журналы выдачи книг из семинарской библиотеки и записи на книгах, выданных семинаристам для чтения, появились только в XIX веке. Сегодня известно только франкфуртское издание сборника нравоучительных двустиший Дионисия Катона со схолиями Эразма Роттердамского, на обороте задней крышки переплета которого есть запись: «Реторики ученик Михаил Иванович господин Рябков владеет сею книшкою а именно Дистихою 1785 года…». То, что семинаристы в XVIII веке читали книги из библиотеки видно из инструкции Тихона Задонского. Однако ученикам книги из библиотеки не выдавались, они должны были их читать в библиотеке. Видимо, этим объясняется то, что на книгах нет записей о выдачи их семинаристам.